San Miceli è un sito di piccole dimensioni ma di notevole valore, poiché è l’unico esempio ritrovato nella parte occidentale dell’Isola, attorno alla Basilica peleocristiana di San Miceli, databile tra la fine del IV e il VI-VII secolo d. C. Si trova a valle della Città, verso la zona Nord. La chiesa è dedicata all’Arcangelo San Michele. Fu scoperto nel maggio 1893 in seguito al ritrovamento di una moneta d’oro e, con la speranza di trovare altri tesori, si diede l’avvio a degli scavi demolitori che pregiudicarono i resti: la pavimentazione a mosaico della stessa basilica e la profanazione dei sepolcri. Gli scavi confermarono che si trattava dei resti di una chiesa cristiana dei primi secoli.
La basilica di modeste dimensioni è unica nello schema architettonico del tipo basilica cimiteriale a tre navate. Attorno alla basilica si trovavano numerose abitazioni, di cui si erano conservate strutture murarie e pavimenti in cocciopesto o mosaico.